2010-11-06

Subject: Sequência do DNA pode estar a perder-se na tradução

 

Sequência do DNA pode estar a perder-se na tradução

 

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@ NatureUm misterioso fenómeno chamado 'edição do RNA' pode ser inesperadamente generalizado, de acordo com uma análise do efeito em todo o genoma humano.

O estudo, ainda por publicar, foi apresentado no encontro anual da Sociedade Americana de Genética Humana em Washington DC. As descobertas sugerem que até 97% dos genes transcritos estão a ser alterados uma vez o RNA sintetizado a partir do código do DNA. No entanto, alguns investigadores alertam para o facto de os resultados, ainda que intrigantes, poderem ser o resultado de erros de sequenciação.

De acordo com o modelo dos manuais da forma como os genes são expressos, o DNA é transcrito para o RNA e os esses tripletos são depois traduzidos para aminoácidos para a construção de proteínas mas por vezes o RNA parece editar a mensagem, usando mecanismos específicos para alterar para alterar ou trocar certas bases.

O fenómeno tem sido observado numa variedade de organismos e parece aumentar a diversidade de transcrição produzidas a partir de um dado gene. Tem estado associado ao metabolismo celular em plantas e na função cerebral em ratos. Uma má regulação da edição do RNA também foi implicada em várias doenças humanas, incluindo esclerose amiotrópica lateral e a epilepsia.

Mas até que ponto o processo ocorre ou que função as transcrições editadas podem ter é largamente misterioso, em parte porque os investigadores não tinham as ferramentas para mapear as sequências do DNA e do RNA no mesmo indivíduo. "Não é bem concreto que exista sequer", diz Joseph Pickrell, estudante de graduação no departamento de genética humana da Universidade de Chicago no Illinois, que não participou no estudo.

Mingyao Li, bioestatística da Universidade da Pennsylvania em Filadelfia, disse na conferência que comparou as sequências de DNA e RNA de 27 indivíduos incluídos no Projecto 1000 Genomas, que tem como objectivo sequenciar o genoma de mil pessoas. Os investigadores sequenciaram o RNA de amostras celulares, verificaram as diferenças para os participantes das sequências de genoma inteiro.

Os resultados sugerem que uma enorme quantidade de edição pode estar a ocorrer por todo o genoma, com os investigadores a identificarem mais de 102 mil acontecimentos de edição. Também estimam que cerca de 97% das transcrições produzidas a partir de um dado gene são editadas, uma taxa que Li descreve como "surpreendentemente alta". A maioria dos acontecimentos de edição de RNA estudados até agora envolveram dois tipos de alteração específica: conversão da base do DNA adenina em inosina e alteração da base citosina pelo uracilo mas muitas das diferenças que Li encontrou não tinham sido observadas antes.

 

Não é claro o que acontece ao RNA editado, disse Li na conferência, por exemplo se é traduzida em proteínas ou se simplesmente se degrada.

Os investigadores cruzaram as suas descobertas contra as sequências de RNA dos mesmos indivíduos publicadas anteriormente este ano e descobriram 89% de concordância entre os dois conjuntos de dados.

Mas outros investigadores estão cépticos. Emmanouil Dermitzakis, da Universidade de Genebra, Suíça, geneticista do Projecto 1000 Genomas. defende que as sequências de DNA usadas pelos autores não tinham como objectivo ser suficientemente rigorosas para este tipo de comparação próxima, significando que muitas das supostas discrepâncias podem ser simples erros de sequenciação.

"É preciso fazer isto bem para poder quantificar o fenómeno", diz ele, salientando que provavelmente irá variar para diferentes tipos celulares. O seu grupo analisar a questão em indivíduos parte do Projecto 1000 Genomas que foram sequenciados com alto rigor mas até agora apenas algumas sequências estão disponíveis.

Pickrell concorda que erros de sequenciação podem ser um problema. "Há várias razões para o RNA não corresponder ao DNA que não são biológicas." A única forma de o verificar seria voltar a sequenciar um grande número dos genes que parecem estar a ser editados. 

Li está actualmente a conduzir essas novas sequenciações e apresentou dados à conferência de um punhado de sites. Os dados parecem confirmar a ocorrência de edição de RNA. No entanto, ela e a sua equipa recusaram comentar esse trabalho antes da publicação. 

 

 

Saber mais:

Mingyao Li

Emmanouil Dermitzakis

Jospeh Pickrell

 

 

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